Ազգային ագրարային համալսարանը 2021-ից գույքահարկի գծով պարտավորություն է կուտակել, որը կազմում է ավելի քան 600 միլիոն դրամ: Համալսարանի ռեկտորի պարտականությունները 2023թ. դեկտեմբերից կատարում է Հրաչյա Զաքոյանը:
Մինչ այդ ռեկտորն էր Վարդան Ուռուտյանը, որը 2024 թ. հոկտեմբերին ԿԳՄՍ նախարարի որոշմամբ հայտնվեց հոգաբարձուների խորհրդի կազմում: Մինչ համալսարանի ղեկավարությունը տարիներ շարունակ ամենօրյա ռեժիմով թմբկահարում է «անկասելի առաջընթացի» ու «աննախադեպ բարեփոխումների» մասին, գույքահարկի պարտքն ու տույժերն օրական ավելանում են մի քանի հարյուր հազար դրամով։
